Первым крупным нововведением стала поддержка слоев, делающая Microsoft Paint более продвинутым для редактирования изображений.
Слои можно менять местами, объединять, копировать, перемещать и скрывать. Также поддерживается функция прозрачности, когда стирание на верхнем слое делает видимым то, что находится на нижнем.
Ещё одним крупным нововведением Paint стала поддержка прозрачности. Теперь редактор позволяет открывать, редактировать и сохранять файлы PNG, в которых используется прозрачность.
При редактировании прозрачные области помечаются традиционным шахматным узором. В многослойных проектах удаление содержимого на одном слое делает видимым изображение на другом, расположенном под ним. Это повышает гибкость при редактировании изображения.